Todos los laboratorios del programa de la Maestría en Ciencias en Alimentos, cuentan con el equipamiento idóneo para desarrollar los proyectos de tesis de los educandos, además existe la interrelación entre las líneas de investigación y la cooperación entre los miembros del NAB compartiendo los equipos entre ellos.
La mayoría de los laboratorios de la Maestría en Ciencias en Alimentos se encuentran dentro del nuevo edificio de IBQ, los cuales son: Laboratorio de Ingeniería, Laboratorio de Transformaciones bioquímicas de alimentos e Enzimología, Laboratorio de Tecnología de Alimentos, Laboratorio de Nutrición, Laboratorio Pesado de Ingeniería de Alimentos y Laboratorio para medición de tamańo de partículas. En el mismo edificio se encuentran las plantas piloto de Alimentos: planta piloto de cereales, planta piloto de frutas, planta piloto de lácteos; las cuales son utilizadas por los estudiantes de posgrado del programa.
Dentro del mismo campus de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas en Zacatenco se encuentra el edificio de ISA en donde se encuentra localizado otro de los laboratorios que son parte del programa de la maestría el cual es el laboratorio de Producción y caracterización de pigmentos y biosurfactantes por microorganismos halófilos en el área de alimentos.
Dentro de la Escuela Superior de Ingeniería Química e Industrias Extractivas (ESIQIE) en Zacatenco se encuentra el Laboratorio de Investigación de Productos Naturales que también forma parte del programa de la maestría.
En la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas Campus Casco de Sto. Tomás, se encuentran otros dos laboratorios que forman parte de la maestría: Laboratorio de Quimiométría en Alimentos y el Laboratorio de Compuestos Funcionales. Además de estos 2 laboratorios en el Campus Sto. Tomás se encuentra localizada la Sección de Estudios de Posgrado de la ENCB-IPN (SEPI-IPN, la cual es la responsable de todas las actividades administrativas de los posgrados de la escuela incluyendo el Programa de la Maestría en Alimentos.