Los alumnos de la Maestría y el Doctorado de Ciencias Quimicobiológicas cuentan con el apoyó económico a través de la beca que el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) otorga a los estudiantes de posgrado adscritos a un programa del PNPC. Para este apoyo, es requisito indispensable contar con un promedio mínimo de 8.0 en el nivel de estudios previo y ser estudiante de tiempo completo. Los alumnos deben cursar el 5 semestre de maestría pueden optar por una beca institucional que otorga el IPN, siempre y cuando hayan completado su programa de actividades y el avance de su tesis sea de un 80%.
Corresponde a la coordinación del Posgrado de gestión semestral de las solicitudes de becas nacionales, becas mixtas, estancias nacionales y al extranjero, así como el seguimiento de becas, que implica la suspensión, reactivaciones y bajas del programa de los becarios, así como el informe de desempeño y solicitudes de becas para estancias posdoctorales.
Adicionalmente a estos estímulos los alumnos pueden optar también por las becas BEIFI (Becas de Estímulo Institucional de Formación de Investigaciones) que otorga el IPN a los estudiantes de cualquier nivel de estudios que se incorporan a proyectos de investigación adscritos a la Secretaría de Investigación y Posgrado. Es requisito indispensable tener promedio mínimo de 8.0 en el semestre previo. Este estímulo es gestionado directamente por el estudiante a propuesta y con la autorización del investigador con quien realizará el proyecto.